Музей образован в 1960 году как лаборатория Биологического института Сибирского отделения АН СССР. Музей представлен несколькими экспозициями и фондом научных коллекций. Общий объем коллекций позвоночных и беспозвоночных животных составляет более 13 млн. единиц хранения по 600 семействам и 26 тысячам видов.